
Sem contar com nenhum acesso, Roberto Fernandes também nunca conseguiu avançar da primeira fase na Série C. Porém, em apenas duas oportunidades iniciou a competição, sendo responsável pela montagem do elenco. Missão que terá no Timbu.
A primeira delas foi e 2011, com o Paysandu. Contratado em maio, iniciou a Série C após perder o título do Campeonato Paraense, nos pênaltis, para o modesto Independente. Em uma competição diferente da atual, disputada com quatro grupos de cinco times, com apenas os dois primeiros avançando para a segunda fase, foi demitido na penúltima rodada da primeira fase, após uma derrota, fora de casa, para o Rio Branco-AC. No total, deixou o time com três vitórias, dois empates e duas derrotas. Um aproveitamento de 45,8%.
Na rodada final, o Paysandu conseguia a classificação, mas seria eliminado na fase seguinte, ao terminar em terceiro no grupo que tinha CRB e América-RN, que seguiram em frente, além do Luverdense.
A outra oportunidade em que iniciou a Série C foi a frente do América-RN, em 2015. Após conquistar o título potiguar, em cima do rival ABC, e já com a competição em seu formato atual (com dois grupos de dez clubes e os quatro primeiros avançando aos mata-matas do acesso), terminou na quinta colocação, com oito vitórias, cinco empates e cinco derrotas (53,7% de aproveitamento). Ficou a dois pontos do Confiança, que ficaria na 4ª colocação do Grupo A.
Curiosamente, as duas últimas passagens de Roberto Fernandes pela Série C foram pelo clube sergipano. A primeira em 2016, quando assumiu na 9ª rodada para a sua especialidade, salvar o clube do rebaixamento. E com uma campanha de quatro vitórias, quatro empates e apenas duas derrotas conseguiu, deixando o Confiança na 7ª colocação, com dois pontos a mais que o América-RN, primeiro time do descenso. O aproveitamento de 53,3% foi semelhante ao do Fortaleza, que liderou o grupo com 55,5% de rendimento.
Já a segunda participação na Série C pelo Confiança foi este ano. Mas de forma relâmpago. Após ser eliminado na primeira fase da Série D com o Bangu, foi mais uma vez contratado após um início pouco animador da equipe sergipana. Porém ficou a frente do clube por apenas dois jogos, na 11ª e 12ª rodadas, conseguindo empates diante de Cuiabá e Moto Club, ambos em Aracaju. Em seguida, aceitou o convite para voltar para o Náutico.
Roberto Fernandes na Série C
2011
Paysandu
3 vitórias
2 empates
2 derrotas
45,8% de aproveitamento
Demitido antes do termino da 1ª fase
2015
América-RN
8 vitórias
5 empates
5 derrotas
5ª colocado na 1ª fase, ficou a dois pontos do Confiança, último time a se classificar para o mata-mata
2016
Confiança
4 vitórias
4 empates
2 derrotas
Assumiu o time na 9ª rodada e com 53,3% de aproveitamento livrou o clube do rebaixamento
2017
Confiança
2 empates
Passagem relâmpago antes de aceitar o convite para retornar ao Náutico